パソコン資格の種類は大きくは2つに分かれます。
国家資格と、いわゆる民間資格のベンダ資格です。

国家資格とは、そのまま国が認める資格であり、各省庁がそれぞれに実施しています。パソコンの資格といえば、経済産業省が実施する情報処理技術者試験が有名です。もともとは情報処理1種・2種という区分がありましたが、種々変更され、2009年度からは人気のあった初級システムアドミニストレータも廃止され、新たに入門的な資格としてＩＴパスポート試験が導入されます。

ベンダ資格とは、民間の企業が自社のアプリケーションなどに対する知識や技術を評価し認定するもので、有名なところではマイクロソフトが実施・認定する各資格試験や、オートデスクのＣＡＤ資格試験や、他にも、ＳＱＬやＰＭＰ、ＩＴＩＬなど多種多様な資格試験が実施されています。

国家資格とベンダ資格の大きな違いは、乱暴な言い方ですが知識か技術かということでしょうか（当然技術には知識が必要ですが・・・）。
国家資格は、やはりパソコンやＩＴの基本の知識をとわれるものですし、ベンダ資格はアプリケーションに関する知識および技術力がとわれるものです。

すでに社会人で、仕事に直結するアプリケーションが明確ならばベンダ資格を取得するのもよいでしょうが、学生であったり、国家資格をとっていないなら情報処理技術者試験のＩＴパスポート試験や基本情報技術者にまずは挑戦するのがよいでしょう。

システムを作るにしても、はやりのアプリケーションがあるので、まずは土台からということです。